1. Un milagro que se ha atribuido como el primero del Padre Pío ocurrió en 1908. En ese momento él vivía en el convento de Monte fusco. Un día en que él fue al bosque a coleccionar los alazanes en una bolsa; Él quiso enviársela en Pietrelcina a su tía Daría. Ella siempre había sido muy afectuosa con él. La mujer recibió y comió los alazanes y guardó la bolsa de recuerdo. Tía Daría días después, estaba buscando algo en un cajón dónde su marido normalmente tenía polvo. Era de noche, y ella se alumbraba con una vela, cuando de repente; el cajón se incendió. Tía Daría fue alcanzada por el fuego. En un instante, ella agarró la bolsa que contuvo los alazanes del padre Pío y se la puso en la cara. Inmediatamente, su dolor desapareció y ninguna herida o marca de la quemadura permanecían en su cara.
2. Durante la segunda guerra mundial, en Italia, el pan se racionó. En el convento del Padre Pío había siempre muchos invitados más los pobres que siempre iban allí pidiendo comida. Un día los Frailes se encontraron con que apenas tenían dos libras aproximadamente de pan. Todos los hermanos oraron antes de sentarse a comer. El Padre Pío entró en la Iglesia, y rato después regresó con muchísimo pan en sus manos. El Superior le preguntó al Padre Pío: "¿Dónde usted ha encontrado pan?” El Padre Pío contestó: “me los dio un peregrino en la puerta". Nadie habló, pero todos pensábamos que sólo el Padre Pío podía encontrar a ese peregrino.
3. Una vez en el convento del Padre Pío, un fraile se olvidó de organizar el personal para la Sagrada Comunión. Por esta razón habían solamente unas pocas personas disponibles. Pero después que terminó de confesar; el Padre Pío organizó a las personas para impartir la Sagrada Comunión; y permaneciendo en el servicio, fueron mucho más de las que anteriormente habían.
4. Una hija espiritual del Padre Pío estaba leyendo una carta del Padre Pío en el borde del camino. El viento se llevó la carta, hasta el declive de un prado. La carta ya estaba lejos, cuando de pronto se detuvo, debajo de una piedra. De esta manera la mujer pudo recuperar su carta. El día, en que después ella encontró al Padre Pío éste le dijo: "Usted tiene que prestar más atención al viento la próxima vez. Si yo no hubiera puesto mi pie en la carta, ésta se hubiera perdido."
5. Un ingeniero decidió quedarse hasta tarde en el convento, pero cuando decide irse comenzó a llover... Así que él le dijo al Padre Pío: "Yo no tengo ningún paraguas " "¿Podría quedarme aquí hasta por la mañana? Si no, me mojaré." - "Yo lo siento mi estimado, no es posible. ¡Pero no se preocupe! ¡Yo lo acompañaré! “le contestó el Padre Pío. Pero el ingeniero pensó que habría sido mucho mejor no hacer esa penitencia, sin embargo, podría ser menos riguroso con la ayuda del Padre Pío. Se puso su sombrero, y empezó a caminar dos millas entre el convento y el pueblo. Pero en cuanto él salió vio con sorpresa que ya no estaba lloviendo. Simplemente había un pequeño rocío cuando llegó a su casa. "Mi Dios", la mujer exclamó, cuando abrió la puerta "Usted también debe estar mojado hasta los huesos” “en absoluto" el ingeniero contestó - "no está lloviendo". Los campesinos que estaban enmudecen: "¿Qué! ya no está lloviendo? ¡Está vertiendo! ¡Escuche! “ellos abrieron la puerta de nuevo y estaba lloviendo demasiado fuerte Y le contaron que había estado lloviendo durante una hora sin interrupción. "¿Cómo usted pudo venir sin mojarse? Ellos le preguntaron. El ingeniero contestó: "El Padre Pío me dijo, que me acompañaría"; entonces, los campesinos comprendieron que había sido un milagro más del Padre Pío. "Ahora todo está claro, y se encontraron en la cocina para cenar cuando la mujer dijo: "Con seguridad la compañía del Padre Pío es mucho mejor que un paraguas "
6. En la crónica del convento, en la fecha del 23 de octubre de 1953, se puede leer esta anotación.
"Esta mañana la Señorita Amelia Z., ciega nata, de 27 años, ha venido desde la provincia de Vicenza y ha recibido la vista. Después de su confesión ella le ha preguntado al Padre Pío por su vista. El Padre le ha contestado: "Ten fe y ruega mucho". En el mismo instante la joven chica vio al Padre Pío: el rostro, la mano que bendijo, los medios guantes que escondieron los estigmas. La vista ha ido rápidamente aumentando, hasta que la joven ya vio bien de cerca. Le dijeron al Padre Pío acerca del milagro y él dijo: "Demos gracias a Dios."
Luego la joven los preguntó al padre Pío si tendría la vista completa y contestó: “poco a poco vendrá todo."
